Oblasť genetiky a genómiky zaznamenala v posledných rokoch obrovský rast, pričom došlo k prielomom v chápaní úlohy génov v ľudskom zdraví a chorobách. Centrálnym prvkom tohto pokroku je dostupnosť komplexných a kvalitných údajov o expresii génov, ktoré poskytujú cenné poznatky o tom, ako sú gény aktivované a regulované v rôznych tkanivách a typoch buniek. Jednou z platforiem, ktorá sa stala nenahraditeľným zdrojom pre výskumníkov po celom svete, je GTEx Portal (https://gtexportal.com).
GTEx Portal, skrátene Genotype-Tissue Expression Portal, je voľne prístupná webová stránka, ktorá ponúka používateľsky prívetivé rozhranie pre výskumníkov, aby mohli preskúmať bohatstvo údajov o expresii génov špecifických pre tkanivá. Tento prelomový zdroj vyvinul Národný ústav zdravia (NIH) a zmenil spôsob, akým výskumníci študujú vzory expresie génov a ich súvislosti s ľudskými znakmi a chorobami.
Jednou z kľúčových výhod GTEx Portalu je jeho rozsiahly súbor údajov, ktorý zahŕňa údaje o expresii génov z viacerých typov tkanív naprieč veľkým súborom jednotlivcov. V súčasnosti portál poskytuje prístup k údajom z viac ako 9600 post-mortem vzoriek ľudských tkanív, ktoré predstavujú 54 rôznych tkanív. Toto komplexné pokrytie umožňuje výskumníkom študovať profil expresie konkrétnych génov v rôznych tkanivách, čím poskytuje hlbšie pochopenie ich funkčných úloh.
Aby sa zabezpečila najvyššia kvalita údajov, projekt GTEx dodržiava prísne protokoly pre zber a spracovanie vzoriek. Vzorky tkanív používané v projekte prejdú rigoróznymi kontrolnými opatreniami kvality, vrátane určovania integrity a čistoty RNA. Iba vzorky, ktoré spĺňajú prísne kritériá, sú zahrnuté v súbore údajov, čím sa zabezpečuje spoľahlivé a presné meranie expresie génov.
Navigácia na GTEx Portali je jednoduchá, aj pre tých, ktorí majú obmedzené skúsenosti s bioinformatikou. Domovská stránka ponúka intuitívny vyhľadávací panel, ktorý umožňuje výskumníkom preskúmať konkrétne gény, tkanivá alebo choroby, ktoré ich zaujímajú. Používatelia majú tiež k dispozícii rôzne nástroje vizualizácie, ktoré im umožňujú generovať tepelnú mapu a profily expresie pre gény naprieč rôznymi tkanivami.
Okrem toho GTEx Portal ponúka cenné zdroje pre výskumníkov, ktorí sa snažia integrovať údaje o expresii génov s inými genómovými súbormi údajov. Webová stránka poskytuje odkazy na externé databázy, ako je projekt Genotype-Tissue Expression (GTEx) a Enciclopédia DNA Elementov (ENCODE), čo uľahčuje komplexné pochopenie genómového prostredia.
Dopad GTEx Portalu na vedecký výskum nemožno preceniť. Poskytovaním centralizovanej a ľahko prístupnej platformy pre údaje o expresii génov webová stránka zdemokratizovala oblasť genómiky. Výskumníci už nemusia investovať značný čas a zdroje do generovania vlastných údajov, ale môžu využiť existujúce bohatstvo informácií dostupných na GTEx Portali.
Na záver, GTEx Portal transformoval spôsob, akým výskumníci skúmajú vzory expresie génov a ich spojenie s ľudským zdravím a chorobami. So svojím rozsiahlym súborom údajov, rigoróznymi opatreniami kontroly kvality a používateľsky prístupným rozhraním sa webová stránka stala nepostrádateľným zdrojom pre vedcov po celom svete. Ako naše chápanie ľudského genómu pokračuje v prehlbovaní, GTEx Portal bezpochyby zohrá kľúčovú úlohu pri urýchľovaní vedeckých objavov a pokroku v oblasti personalizovanej medicíny.
The source of the article is from the blog rugbynews.at